Фамилия Заборкин образована от прозвища, и в её основе лежит слово «заборка». В северных и сибирских говорах так называли лёгкую деревянную перегородку, отгораживающую часть избы, или просто внутреннюю стену. Человек, получивший такое прозвище, мог жить в отгороженной части дома или заниматься изготовлением таких перегородок. Прозвище было бытовым, неофициальным и указывало на конкретную деталь жилья или занятие.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Заборкин — «сын Заборки». В русской антропонимии это стандартная модель притяжательных фамилий, образованных от существительных и прозвищ на -а, -я. Менее вероятна связь с забором в современном значении «ограда»: фамилия Заборов (от «забор») встречается чаще, а форма с -к- в корне и суффикс -ин говорят именно об уменьшительной или обиходной основе «заборка».

География фамилии тяготеет к северу и востоку европейской части России. В переписных книгах XVII–XVIII веков зафиксированы крестьяне и посадские люди с таким прозвищем в Вологодском, Архангельском и Вятском уездах. Это подтверждает диалектный характер слова: в центральных областях перегородку называли «переборкой» или «перегородкой», а «заборка» — именно северная лексема.

В генеалогическом плане фамилия Заборкин почти наверняка крестьянская или мещанская. Дворянских родов с такой фамилией не известно. В ревизских сказках XIX века Заборкины встречаются среди государственных крестьян и однодворцев южных губерний, куда они могли переселиться с Севера в ходе колонизации. Фамилия редкая, не входит в число распространённых, что делает её хорошим маркером для поиска корней: если вы Заборкин, ваши предки с большой вероятностью жили на Русском Севере.