Фамилия Задойко образована по редкой для русских фамилий модели с суффиксом -ко, который характерен для украинской и белорусской ономастики. В основе лежит прозвище Задойка, а сама фамилия, скорее всего, метронимическая — то есть указывает на родство по матери: «сын Задойки». Это одна из тех фамилий, где за основу взяли не имя отца, а прозвище матери, что случалось реже и обычно говорило о её заметной роли в семье или хозяйстве.

Прозвище Задойка, от которого пошла фамилия, напрямую связано с глаголом «доить». Самое вероятное объяснение — профессиональное: предок (женщина) занималась доением коров, была дояркой. В крестьянском быту это занятие было повседневным, и прозвище могло закрепиться за человеком, который постоянно этим промышлял. Есть и другая версия, хотя она менее убедительна: в донских говорах встречается слово «дои» в значении «доныне, доселе», и тогда Задойкой могли назвать запасливого человека, который всё делает загодя. Но привязка к конкретному ремеслу — доению — выглядит естественнее и прозрачнее для уха.

Фамилия Задойко несёт отпечаток женского прозвища, что выделяет её среди множества «отческих» фамилий на -ов и -ин. Такие метронимические формы нечасты, и они указывают на особый уклад в семье основателя фамилии, где мать или бабушка была настолько известна в округе, что её прозвище перешло к детям.