Фамилия Загоев — редкий случай, когда прозвище почти наверняка связано не с ремеслом или внешностью, а с конкретным местом. Её основа — топоним Заг (Zag) или Зага (Zaga). Такие названия встречаются в южнославянских землях: в Болгарии есть село Загоричане, в Сербии — Заглавак, а корень «заг» в балканской топонимике часто указывает на «загорье» — местность за горой. Человек, пришедший оттуда, получал прозвище Загой, а его потомки — фамилию Загоевы.

Модель образования проста: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?» — Загоев). В русской традиции так оформляли фамилии от прозвищ на -ой: Загой → Загоев. Аналогия — фамилии Долгой → Долгоев, Кривой → Кривоев. Однако в отличие от них, Загоев не описывает качество человека, а называет его географическое происхождение.

Версия о связи с осетинским именем Заг или Зага (как вариант — Загко) менее вероятна. Осетинские фамилии обычно образуются с суффиксами -ты/-ти (Загаты, Загкоев), а не -ев. К тому же в русских документах XVII–XVIII веков фамилия Загоев встречается в южнорусских областях (Курская, Воронежская губернии), где селились выходцы с Балкан — сербы, болгары, греки. Это косвенно подтверждает топонимическую версию.

Фамилия осталась редкой. По переписям XIX века она фиксировалась в основном в однодворческой среде — потомках служилых людей, охранявших южные границы. Загоевых не было среди дворянства или купечества, что тоже говорит о простонародном, прозвищном происхождении.