Фамилия Захарутин образована от крестильного имени Захарий, которое в переводе с древнееврейского означает «радость» или «память божия». В основе фамилии лежит не само имя, а его производная форма — Захарута. Так в старину могли ласково или в бытовом обиходе называть человека, носившего полное церковное имя Захарий. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — сын Захаруты, то есть потомок этого человека.

Модель образования на -ин типична для русских фамилий, возникших от личных имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Захарута — имя или прозвище, которое, скорее всего, бытовало в северных и центральных губерниях России, где такие уменьшительные формы были особенно распространены. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от имён на твёрдый согласный, вариант Захарутин сохраняет следы живой народной речи, где полное имя сокращали и «обкатывали» до простого и звучного прозвища.

С точки зрения словообразования, фамилия Захарутин — редкий случай, когда основа не повторяет стандартные уменьшительные варианты вроде Захарка или Захарик. Форма Захарута встречается в исторических документах реже, что делает фамилию более локальной и менее распространённой, чем, скажем, Захаров или Захарьин. В ономастике это указывает на то, что предки носителей фамилии могли происходить из одной местности или даже одной семьи, где прозвище закрепилось именно в таком виде.

Таким образом, фамилия Захарутин напрямую отсылает к имени Захарий, но через характерный для русской антропонимии уменьшительно-ласкательный вариант, который со временем стал наследственным родовым именем.