Фамилия Захарутины образована от имени Захарута — производной формы крестильного имени Захарий. Имя Захарий пришло из древнееврейского языка, где означало «радость» или «память божия». В русской традиции полные церковные формы нередко сокращали, добавляя уменьшительно-ласкательные суффиксы: так на основе Захарий появились Захар, Захарушка, а затем и Захарута.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Захарутин буквально значит «сын Захаруты» или «потомок Захаруты». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от личных имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Интересно, что форма Захарута встречается реже, чем, скажем, Захаров или Захарьин, — это делает фамилию менее распространённой, но более характерной для определённых регионов.

Точное место возникновения фамилии Захарутины установить сложно: фамилии на -ин активно формировались на Руси с XV по XVII век, особенно в северных и центральных землях. Носители фамилии могли быть как крестьянами, так и посадскими людьми — сословной привязки у этой фамилии нет. Сегодня Захарутины встречаются в разных областях России, но повсеместной массовости не получили, что лишь подтверждает её локальное происхождение от конкретного прозвища.