Фамилия Заковырин — один из тех случаев, когда прозвище предка, скорее всего, имело переносный смысл, а не описывало конкретное ремесло или внешность. В её основе лежит глагол «заковырять» или существительное «заковыра» — слово с богатой гаммой значений в русских говорах. Чаще всего «заковырой» называли человека придирчивого, въедливого, любящего задавать каверзные вопросы или делать всё с хитрецой. В некоторых диалектах это слово означало также «закорючка», «загогулина», что могло относиться к человеку с необычным, извилистым почерком или характером. Модель образования проста: от прозвища Заковыра через притяжательный суффикс -ин (чей? — Заковырин сын) возникла фамилия, закрепившаяся за потомками.

Интересно, что в отличие от более распространённых фамилий на «за-» (Завьялов, Захаров), у Заковырина нет «официального» канонического имени в основе. Это чисто прозвищная фамилия, что делает её старше многих «именных» — она фиксирует не церковное имя, а живую черту человека, которую заметили в быту. Встречается она преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в Вятской и Пермской губерниях, где слово «заковыра» бытовало особенно активно. Сословная принадлежность носителей — чаще крестьянство, реже купечество, что типично для фамилий, образованных от бытовых прозвищ.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Заковыров, Заковыркин, Ковырин — показывает, что модель на -ин у Заковырина не случайна. Суффикс -ин в русской ономастике традиционно присоединялся к основам на -а, -я, и прозвище Заковыра как раз подходило под этот шаблон. Если бы основой было слово «заковыр» (мужской род без окончания), фамилия звучала бы как Заковыров. Таким образом, по форме Заковырин — «сын Заковыры», что подчёркивает личностный, а не профессиональный характер прозвища.

В современных справочниках фамилия не относится к числу частотных, но держится устойчиво, не исчезая. Её носители, вероятно, не раз сталкивались с вопросом о происхождении, и ответ здесь лежит на поверхности: предок был человеком с характером — себе на уме, дотошным или склонным к неожиданным поступкам, за что и получил меткое прозвище.