Фамилия Заплаткина образована от прозвища Заплатка. В основе лежит нарицательное «заплатка» — кусок ткани, которым заделывают дыру на одежде. Прозвище могли дать человеку, который постоянно ходил в поношенной, залатанной одежде, или же, напротив, тому, кто этим ремеслом кормился — портному, занимавшемуся починкой. Так что происхождение фамилии двоякое: либо по внешнему признаку, либо по профессии.

В русской ономастике зафиксирована и более короткая форма этого прозвища — Латка. В труде С. Б. Веселовского «Ономастикон» упомянут новгородский крестьянин Латка Степан (1539 год). Оба варианта — Заплатка и Латка — бытовали в крестьянской среде: заплатанная одежда была обычным делом, а профессия портного-чинильщика — востребованной.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе «Заплатк(а)» добавили суффикс принадлежности -ин, указывающий на «сына Заплатки» или «внука Заплатки». Окончание -а в фамилии Заплаткина — женская форма, которая закрепилась при передаче по женской линии или в документах на женщину. Мужской вариант фамилии — Заплаткин.

В отличие от многих фамилий, образованных от имен или прозвищ с прозрачной, но редкой семантикой, Заплаткина — пример «бытовой» фамилии, где прозвище не имеет ни иноязычных корней, ни сложной мифологической подоплёки. Это делает её особенно интересной для тех, кто изучает социальную историю: предки носителя фамилии, скорее всего, были людьми небогатыми, либо ремесленниками. Встречаемость фамилии невысока, что говорит о её локальном, а не массовом распространении.