Фамилия Запорожченко образована по той же продуктивной украинской модели, что и многие другие фамилии на -енко. Суффикс -енко в XVI–XVII веках в Поднепровье означал «сын» или «потомок», то есть Запорожченко — это буквально «сын запорожца» или «потомок запорожца». Такая форма указывает на прямую родственную связь с человеком, которого в окружении называли Запорожец.

Само прозвище Запорожец имело два основных значения. Первое — географическое: так могли назвать выходца из Запорожья или из земель за днепровскими порогами. Второе — социальное: запорожцами именовали казаков Запорожской Сечи, военной и политической организации украинского казачества, существовавшей в XVI–XVIII веках. Прозвище могло закрепиться за человеком, который служил в Сечи, или за его потомками, даже если они уже не были казаками.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто фиксируют принадлежность отцу по имени или занятию, фамилии на -енко подчёркивают происхождение от конкретного лица с прозвищем. Таким образом, первый носитель фамилии Запорожченко был не самим запорожцем, а его сыном или более дальним потомком. Со временем прозвище Запорожец, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах, закрепившись в форме на -енко.

Фамилия распространена преимущественно в южных и центральных областях Украины, а также среди потомков украинских переселенцев на Кубани и в других регионах России. Встречаются варианты написания Запорожченко и Запорожченко, но основной считается форма с буквой «о» в корне.