Фамилия Запорожцев образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса -ев, который добавляется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный. В данном случае основа — прозвище Запорожец. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Запорожцев буквально означает «сын Запорожца» или «потомок Запорожца».

Само прозвище Запорожец, от которого пошла фамилия, имеет два возможных, но тесно связанных значения. Первое — прямое указание на место жительства: человека так могли прозвать за то, что он родом из города Запорожье или из Запорожского края — земель, лежащих за днепровскими порогами. Второе — социальное: запорожцами называли казаков Запорожской Сечи, знаменитой военно-политической организации украинского казачества, существовавшей в XVI–XVIII веках. Таким образом, прозвище могло закрепиться либо за выходцем с этих территорий, либо за человеком, имевшим отношение к казачьему сословию.

Интересная особенность фамилии — её сравнительная молодость по меркам русских родовых именований. Массово фамилии на -ов/-ев закрепились у крестьян и казачества после отмены крепостного права в 1861 году. Для запорожских казаков, которые после ликвидации Сечи в 1775 году оказались рассеяны по Кубани и другим землям, фамилия Запорожцев могла стать своего рода «фамильной памятью» — напоминанием о происхождении предков, а не о конкретном человеке.

В написании фамилии иногда встречается путаница: вариант Запорожцев (с буквой «е» в суффиксе) — нормативный, так как исходное прозвище заканчивается на -ец. Форма Запорожцов (с «о» под ударением) ошибочна, хотя изредка встречается в дореволюционных документах из-за неграмотности писарей. Родственные фамилии — Запорожец (без суффикса, как прямое прозвище), Запорожский (с типичным для польской и украинской традиции суффиксом -ский), а также менее распространённые Запорожченко и Запорожчук, указывающие на украинское происхождение.