Фамилия Зародкин относится к числу относительно редких, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её корень, стоит отбросить суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — сын Зародки). Основа — «Зародк(а)». В русских говорах, особенно северных и сибирских, слово «зарод» имело конкретное хозяйственное значение: так называли большой стог сена, продолговатой формы, который ставили особым способом для длительного хранения. Иногда «зародом» называли и сам процесс кладки сена.

Следовательно, прозвище Зародка или Зародок мог получить человек, который занимался сенокосом, был искусным в укладке стогов, либо имел какое-то отношение к заготовке кормов. Суффикс -к(а) в прозвище часто придавал уменьшительный или бытовой оттенок — так могли звать младшего работника, сына или просто человека, чья работа была связана с этим занятием. Таким образом, Зародкин — это потомок того, кого в деревне называли Зародкой, то есть «стогометателя» или «сенокосника».

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с диалектным глаголом «зародить» (родить, произвести на свет). В этом случае прозвище Зародок могло быть дано многодетному отцу или, наоборот, первенцу. Однако хозяйственная версия выглядит убедительнее: в крестьянской среде прозвища по роду занятий были массовыми, а слово «зарод» четко фиксируется в словарях народных говоров. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где «зарод» — обычный термин, а не к южным, где сено хранили иначе (скирды, ометы).

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Зародкин встает в ряд с однокоренными, но более распространенными фамилиями Зародов и Зародных. Редкий суффикс -к- в основе (Зародк-а) отличает её от них, указывая на более конкретное, возможно, даже личное прозвище, а не на прямое указание на место жительства (как в случае с «зародный» — живущий у зарода). Носителю фамилии стоит искать свои корни в среде крестьян-земледельцев или скотоводов, где труд на сенокосе был основой хозяйства.