Фамилия Зарудний — украинская по происхождению, и её основа — прозвище, а не крестильное имя. В этом она типична для восточнославянской модели, где личная характеристика или род занятий закреплялись за человеком и переходили к потомкам. Прозвище Зарудний связывают с глаголом «зарудить», то есть «покраснеть». Но значение различалось в зависимости от говора: на юге так могли назвать рыжеволосого человека, а в северных русских говорах, где «рудить» означало «марать, пачкать», прозвище получал тот, кто занимался грязной работой или просто был неаккуратным. Есть и версия, что Зарудним называли смуглого, загорелого человека — то есть прозвище указывало на цвет кожи, а не волос.

Модель образования фамилии — типично украинская: основа прозвища плюс суффикс -ий. Это окончание прилагательного мужского рода, которое в украинской ономастике закрепилось как фамильное (сравните: Зарудний, Червоний, Веселий). В русской традиции такие фамилии часто адаптировали, меняя окончание на -ов или -ев, но форма Зарудний сохранилась именно в украинской среде.

Известный носитель фамилии — Сергей Иванович Зарудный (1821–1887), представитель малороссийского дворянского рода. Он дослужился до тайного советника и был статс-секретарём Департамента законов Государственного совета. Его пример показывает, что фамилия не была крестьянской или казацкой исключительно — она встречалась и в дворянской среде, хотя корни у неё, скорее всего, простонародные.

Точное место и время возникновения фамилии установить трудно: процесс формирования фамилий на украинских землях растянулся на несколько столетий, с XV по XVIII век. Прозвище Зарудний сначала присоединялось к наследственному имени, а потом полностью его заменяло — и в быту, и в документах. Так личная характеристика стала родовым именем.