Фамилия Зарудницкий образована по польско-украинской модели с суффиксом -цк(ий), который в восточнославянских землях чаще всего указывал на дворянское или шляхетское происхождение, но со временем стал просто фамильным показателем. Основа здесь — топоним Зарудница или Зарудное. Названий с корнем «руд-» (от «руда» — железная руда, болотная ржавчина или красная глина) в Беларуси и на западе Украины десятки: села Зарудное, Зарудцы, Зарудня. Человек, получивший фамилию, скорее всего, был выходцем из такого места. Приставка «за-» в топониме означает «за рудой» или «за рудным местом» — то есть село находилось за болотом, за рудником или за красной глиной.

Менее вероятно, но возможно, что фамилия произошла от прозвища Зарудник — так могли назвать человека, жившего за рекой Рудь или Рудка (гидроним с тем же корнем). В польском языке «zarudny» — красноватый, рыжеватый, но для фамилии эта версия слабая: в польской ономастике прилагательные редко переходят в фамилии с суффиксом -цкий, обычно они дают форму типа Зарудный.

Географически фамилия Зарудницкий тяготеет к западу: чаще всего встречается на Волыни, в Подолье и в Гродненской области Беларуси. В Российской империи носители могли быть как шляхтичами (мелкопоместная шляхта часто брала фамилии по имению), так и крестьянами, переселившимися в центральные губернии. В советское время фамилия не была распространена массово, что подтверждает её локальное происхождение.

Однокоренные фамилии — Заруднев, Зарудный, Зарудин — имеют ту же основу, но другие суффиксы: -ев и -ин указывают на принадлежность («чей?»), а -ый — на качество или место. Зарудницкий стоит особняком: суффикс -цкий чётко сигнализирует о географическом происхождении, и это главная зацепка для тех, кто хочет найти корни — ищите село Зарудница или Зарудное в западных областях Украины или Беларуси.