Фамилия Зарудня — одна из тех, что хранит в себе не столько имя, сколько место или занятие. В её основе лежит украинское слово «зарудня» или «зарудний», которое связано с рудой и рудокопным делом. Так в южнорусских и украинских землях называли человека, жившего за рудником или возле рудничных разработок, либо того, кто работал на добыче руды. Корень «руд» указывает на железную руду, а приставка «за-» в топографическом смысле означала «находящийся за» или «по ту сторону». Таким образом, первым носителем фамилии мог быть крестьянин или мастеровой, чей дом стоял за рудником, либо сам рудокоп.

Суффикс «-я» в окончании типичен для украинской модели образования фамилий от прозвищ и названий занятий. Сравните: Коваль — Ковальчук, но и просто Коваль; Зарудня — это не патроним (не «чей-то сын»), а прямое прозвище по признаку. В русском языке такие фамилии часто адаптировались через суффикс «-ин» или «-ов», но форма Зарудня сохранилась в исходном виде, что указывает на украинские или южнорусские корни рода.

Географически фамилия привязана к территориям, где исторически развивалось рудное дело: Полтавщина, Черниговщина, Харьковщина, а также Донбасс. В этих краях с XVII века существовали рудничные промыслы, и прозвище Зарудня могло закрепиться за целыми семьями, жившими при заводах или возле мест добычи. Встречается фамилия и в центральных областях России, но реже — как след переселенцев с Украины.

Стоит различать Зарудню и однокоренные Зарудный, Заруднев. Зарудный — прилагательное, указывающее на признак («рудный»), а Зарудня — существительное, обозначающее лицо. Это различие в словообразовании — ключ к пониманию: Зарудня не просто «имеющий отношение к руде», а именно «тот, кто живёт или работает у руды». В документах XVIII–XIX веков так могли записать крестьянина, приписанного к руднику, или мещанина, занимавшегося скупкой руды.

Никаких достоверных сведений о дворянском происхождении фамилии нет. Это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где ремесло и место жительства определяли прозвище. В советское время носители Зарудни встречались в основном на Украине и в южных областях РСФСР, но массовой географической статистики по ней не публиковалось.