Фамилия Зебрина звучит необычно, но её происхождение укладывается в самую распространённую модель русских фамилий — на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Зебрин», то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Зебра. Основа фамилии — слово «зебра». Вопрос в том, что оно означало в XV–XVII веках, когда фамилии только закреплялись.

Самая вероятная версия: прозвище Зебра давали человеку с яркой, полосатой одеждой — например, в полосатом кафтане или в клетчатых штанах, что для крестьянской и посадской среды было заметно и необычно. В русских говорах слово «зебра» в значении животного закрепилось поздно, через книжную и научную традицию, но как прозвище оно могло возникнуть самостоятельно — по аналогии с пёстрой мастью или характером. Менее вероятно, но возможно, что прозвище отражало не внешность, а поведение: «зеброй» могли назвать суетливого, беспокойного человека.

Другая гипотеза — связь с диалектным или иноязычным корнем. В южнорусских и украинских говорах встречается слово «зебер» — «сбор, подать», а «зебрина» могла означать «сборщица податей» или «женщина, занятая сбором». Однако это редкое значение, и фамилия Зебрина в таком случае была бы образована от женского прозвища, что для русской патронимической системы нетипично. Обычно фамилии на -ин образуются от мужских имён и прозвищ, поэтому версия с «полосатой одеждой» выглядит убедительнее.

Фамилия встречается нечасто, преимущественно в центральных и поволжских областях России. Известных исторических носителей нет, что типично для фамилий, возникших в крестьянской среде: они редко попадали в документы до XIX века. По сословной принадлежности предки Зебриных, скорее всего, были крестьянами или мещанами, а само прозвище — бытовым, не связанным с ремеслом или службой.