Фамилия Зернекова — женская форма фамилии Зернеков. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Зернек, которое, скорее всего, образовано от слова «зерно». В русских говорах «зернек» могли называть человека маленького роста, щуплого или, наоборот, того, кто занимался зерном — крестьянина, мельника, торговца. Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность («чей сын?» — Зернеков), то есть «сын Зернека». Ударение, вероятнее всего, падает на второй слог: Зерне́кова.

Интересная деталь: суффикс -ек в основе (Зернек) встречается реже, чем более привычные -к- или -ок-. Такая форма могла быть диалектной или просторечной. Например, в некоторых областях «зернек» означало «крупное зерно» или «отборное зерно» — так могли прозвать удачливого хозяина. В ономастике известно, что фамилии с корнем «зерн-» (Зернов, Зернин, Зернюк) распространены в южных и центральных регионах России, где земледелие было основным занятием. Зернековы, вероятно, происходят из той же среды — крестьянской или мещанской, но без привязки к дворянству.

Поскольку фамилия редкая, её носители, скорее всего, сосредоточены в одном-двух регионах. Точных данных по географии нет, но можно предположить связь с Курской, Воронежской или Рязанской областями, где встречаются похожие словоформы. В словарях фамилия не фиксируется как старинная, что говорит о её относительно позднем оформлении — в XVIII–XIX веках, когда прозвища окончательно закреплялись в документах. Споров о происхождении практически нет: зерновая тема здесь очевидна, а альтернативные версии (например, от тюркского «зернек» — «украшение») выглядят натянутыми из-за отсутствия исторических контактов в этой зоне.