Фамилия Жабенко образована по распространённой украинской модели с суффиксом -енко, который изначально означал «маленький», «сын» или «ученик». Таким образом, Жабенко — это буквально «сын (или потомок) Жабы». В основе фамилии лежит личное прозвище Жаба.

Прозвище Жаба восходит к названию земноводного. В народной культуре жаба и лягушка — фигуры с двойственной символикой. С одной стороны, их связывали с плодородием, домашним благополучием и даже покровительством: у славян бытовало поверье, что лягушка, живущая под порогом, оберегает дом от бед, а у словаков она считалась «хозяйкой» дома. С другой стороны, в некоторых говорах жабой называли докучливого, надоедливого человека. Давая ребёнку прозвище Жаба, родители могли следовать древней обережной практике: через имя «подключали» его к природе, надеясь передать ему жизнестойкость земноводного или задобрить духов, чтобы те не трогали малыша.

Прозвище Жаба, а затем и фамилия Жабенко, нередко встречается в реестрах запорожского казачества и в документах Левобережной Украины XVII–XVIII веков. В те времена прозвища из мира животных были особенно популярны — они были яркими, запоминающимися и часто не несли отрицательного смысла, а просто выделяли человека среди односельчан.

В русском языке фамилия Жабенко склоняется как типичная украинская фамилия на -ко: Жабенко, Жабенко, Жабенко и так далее. В украинском контексте она сохраняет исходное ударение, чаще всего на первом слоге: Жа́бенко.