Фамилия Жалдыбин — это не самостоятельное образование, а фонетический вариант более распространённой фамилии Шалдыбин. Замена начального «ш» на «ж» в русских говорах встречается, хоть и нечасто: так слово, которое звучало твёрже, могло смягчиться в произношении конкретной семьи или записывалось на слух писцом, привыкшим к местному акающему говору.

Корень у фамилии один — прозвище Шалдыба (или Шкандыба). В диалектах так называли хромого человека. Глагол «шкандыбать» и сейчас живёт в южнорусских и украинских говорах в значении «ковылять, прихрамывать». Прозвище давали не только тому, кто хромал от рождения или болезни, но и бедняку, который «хромал» в хозяйстве — жил скудно, перебивался. В народе говорили: «Лучше хромать, чем сиднем сидеть», «Не учи безногого хромать» — хромота считалась не столько увечьем, сколько бытовой характеристикой, иногда даже с оттенком сожаления.

Модель образования проста: прозвище Шалдыба → притяжательное прилагательное с суффиксом -ин (чей? — Шалдыбин) → фамилия. Такая схема типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда основой чаще всего служило уличное прозвище отца. Переход Шалдыбин → Жалдыбин — уже местная фонетическая особенность, которая закрепилась в документах.

Сейчас фамилия Жалдыбин встречается редко, в основном в Поволжье и некоторых областях Центральной России. Поскольку вариант с «ж» нетипичен, носители такой фамилии могут проследить свою родословную до конкретной ветви Шалдыбиных, где произношение изменилось. Других версий происхождения (от тюркского корня или личного имени) у этой фамилии нет — диалектная основа «шалдыба» покрывает значение полностью.