Фамилия Жалкин происходит от личного имени или прозвища Жалка. Самая убедительная версия связывает её с древнерусским словом «жаль» — горе, скорбь, печаль. Такие имена на Руси давали не в обиду, а с охранительной целью: считалось, что имя, означающее нечто негативное, отведёт от ребёнка настоящие несчастья и злых духов. Жалкой могли назвать долгожданного или болезненного младенца, чтобы уберечь его.

Менее правдоподобна версия, выводящая фамилию из украинского слова «жалка» — жнея, то есть женщина, которая жнёт. В этом случае прозвище могла получить сама крестьянка, работавшая в поле, или, что вероятнее, её муж — по роду занятий жены. Однако против этой гипотезы говорит то, что фамилии на -ин чаще образуются от имён и прозвищ на -а, а не от прямых названий профессий в женском роде.

По своей словообразовательной модели Жалкин — типичная «патронимическая» фамилия. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Жалкин, то есть сын или потомок Жалки. Такая модель широко распространена в северных и центральных областях России, в отличие от южных, где чаще использовали суффикс -ов.

Стоит обратить внимание на необычный корень. В русском языке есть однокоренные слова «жалеть», «жалость», но в основе фамилии лежит именно краткая форма «жаль» — в значении «жалко, горько». Встречаются и другие фамилии с тем же корнем: Жалев, Жалин, Жалкин — они образованы от разных вариантов одного прозвища.