Фамилия Жайкенов — одна из тех, чью этимологию можно разложить на две почти равновероятные версии, и обе ведут в мир тюркских имён и прозвищ. Её основа — личное имя Жайкен (или Джайкен), которое в разных тюркских языках может быть как формой арабского имени Закир («помнящий», «вспоминающий Бога»), так и местным словом, связанным с природой. В казахском языке «жай» — это лето, а «кен» — широкий, просторный; отсюда возможное значение прозвища «летний простор» или «широкий луг». Но более правдоподобно, что Жайкен — это диалектный вариант имени Жакен, которое, в свою очередь, восходит к арабскому Джафар (в значении «ручей», «источник»). Имя прошло через тюркскую фонетику, где «дж» часто переходит в «ж», а конечные звуки упрощаются.

Фамилия образована по самой распространённой восточнославянской модели — прибавлением суффикса -ов к основе. Это типичный пример того, как тюркское имя русифицировали в документах: к имени Жайкен добавили фамильный формант, который в русской среде означал «сын того-то». Суффикс -ов, а не -ин, указывает, что основа мужского рода и оканчивается на согласную — здесь всё стандартно. Носители фамилии — почти стопроцентно казахи или представители других тюркских народов, чьи предки получили фамилию в XIX—XX веках при переписях и паспортизации, когда чиновники записывали отца по имени, превращая его в родовое прозвание.

Географически фамилия Жайкенов тяготеет к западному Казахстану и прилегающим областям России (Астраханская, Оренбургская), что косвенно подтверждает связь с казахским Младшим жузом. Встречается она нечасто — это не массовая фамилия вроде Ахметов или Смагулов, что говорит о её относительно локальном бытовании. Интересно, что в казахском произношении ударение падает на первый слог (Жа́йкенов), тогда как в русской речи часто смещается на второй или третий — это обычная адаптация тюркских фамилий.

Словообразовательно фамилия проста: корень Жайкен- плюс суффикс -ов. Никаких редких аффиксов или сложных конструкций. Единственное, что может сбить с толку, — буквосочетание «ж-а-й», которое в русском языке выглядит нестандартно для фамилии, но для казахского абсолютно нормально. Если бы предка звали просто Жайкен, то его сын в документах автоматически становился Жайкеновым — без вариантов. Других однокоренных фамилий (Жайкен, Жайкеновский) в массовом употреблении нет, что делает Жайкеновых носителями довольно редкого антропонима.