Фамилия Желанная — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве основной, а не как вариант от мужской. В русской традиции фамилии на -ая обычно указывают на принадлежность к роду, где главой был носитель мужской формы (Желанный). Однако Желанная могла возникнуть и напрямую — как прозвище или мирское имя, данное женщине, и уже в этом виде перейти в фамилию.

Основа фамилии — слово «желанный», то есть долгожданный, любимый, милый. В древнерусском быту имя Желан не было редкостью. Его давали ребёнку, которого ждали долго, или, напротив, чтобы задобрить судьбу и уберечь от сглаза. Имя Желан (Желана) встречается в документах XVI–XVII веков. От него пошли фамилии Желанов, Желановский, а Желанная — более поздняя, вероятно, из южнорусских или украинских земель, где притяжательные прилагательные на -ая легко становились фамилиями.

Словообразовательная модель проста: суффикс -н- превратил прилагательное «желанный» в фамилию. Ударение, скорее всего, на второй слог: Жела́нная. В говорах могло звучать и как Жела́на, без удвоения «н», но написание через две «н» — норма литературного языка.

География фамилии размыта, но чаще всего её носители встречаются в Краснодарском крае, Ростовской области и на Украине. Сословно — это бывшие крестьяне или казаки, реже мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано: она слишком прозрачна по смыслу и не попала в гербовники.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» женские формы на -ая рассматриваются как характерные для южнорусской и украинской традиции, где они сохраняли значение «жена такого-то» или «дочь такого-то». Но в случае с Желанной, возможно, фамилия закрепилась именно за женщиной-основательницей рода, что для XVIII–XIX веков редкость. Других версий происхождения — от географических названий или профессий — не существует.