Фамилия Жерноклеев образована от прозвища Жерноклей. Жерноклеем (или жерноклёвом, жерноклюем) в русских говорах назвали человека, изготавливающего жернова (того, кто наковывал жернова дужистыми бороздками, расходящимися от середины), а иногда и каменотёса. Соответственно, прозвище Жерноклей относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на деятельность основателя фамилии. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Жерноклей, со временем получил фамилию Жерноклеев.