Фамилия Жерноклеевы образована от прозвища Жерноклей. В русских говорах жерноклеем (или жерноклёвом, жерноклюем) называли мастера, который изготавливал жернова — наковывал на каменные круги дужистые бороздки, расходящиеся от середины. Иногда так называли и каменотёса. Прозвище, таким образом, относится к «профессиональным» именованиям: оно прямо указывает на ремесло основателя фамилии.

Словообразовательная модель здесь прозрачная: к основе прозвища Жерноклей добавился типичный русский фамильный суффикс -ев. Форма множественного числа (Жерноклеевы) в современном употреблении чаще всего указывает на целый род, хотя исторически фамилия закрепилась в единственном числе — Жерноклеев.

Корень фамилии составной: «жерно» (жёрнов) и «клевать» или «клей»? Вторая часть вызывает споры. Версия с «клевать» кажется более правдоподобной: жерноклёв — тот, кто «клюёт» камень, то есть выбивает на нём бороздки. Слово «клей» сюда семантически не подходит — ни жернова, ни каменотёс с клеем не связаны. Так что прозвище звукоподражательно-образное, от стука инструмента по камню.

Точное место и время возникновения фамилии Жерноклеев установить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, с XVI по XIX век. Однако ясно, что фамилия эта — не книжная и не искусственная, а живая, деревенская. Она возникла в среде ремесленников, чей труд был жизненно необходим для каждой мельницы. Жерноклеевы — потомки не просто крестьян, а мастеровых людей, владевших сложным и уважаемым ремеслом.