Фамилия Жиганковы — одна из тех, где за привычным звучанием скрывается сразу несколько возможных историй. В её основе лежит прозвище Жиганок, а оно, в свою очередь, восходит к слову «жиган», у которого в русских говорах было несколько значений. Самое неожиданное из них — «гребное ручное судно, род малой барки». Если предок получил прозвище по этой профессии, он мог быть речником, судостроителем или перевозчиком грузов на небольших лодках. Вторая версия — производственная: «жиганом» называли работника на винокурне или свеклосахарном заводе. Третья группа значений описывает самого человека: «сухой, тощий, поджарый» (внешность) или «пройдоха, прощелыга, плут» (характер и поведение).

Какую из этих версий считать основной — вопрос открытый. В ономастике часто склоняются к тому, что прозвища по роду занятий давали чаще, чем по внешности, если только внешность не была очень яркой. Поэтому версия с работником на заводе или судостроителем выглядит чуть правдоподобнее, чем с «плутом», — но и ту, и другую нельзя сбрасывать со счетов. Прозвище Жиганок — это уменьшительная форма от «жиган», что типично для русской традиции: так могли назвать молодого рабочего или сына человека с таким прозвищем.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Жиганок добавили суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — «Жиганков сын»). Со временем форма закрепилась за всем родом. О точном месте и времени появления фамилии сейчас говорить сложно — процесс формирования фамилий у крестьян и мещан растянулся на несколько столетий и завершился лишь к XIX веку. Но сама модель (прозвище + -ов) — одна из самых распространённых в России, так что Жиганковы могли появиться в разных регионах независимо друг от друга.