Фамилия Жовновацкая хранит в себе память о прозвище дальнего предка. В основе фамилии лежит слово «жовно» — так в старых русских говорах называли желну, большого черного дятла. Прозвище Жовно, скорее всего, дали человеку, который чем-то напоминал эту птицу: возможно, он был смугл и черноволос, или отличался упорством и любовью «долбить» одно дело, а может, носил черную одежду.

Родственное прозвище Желна встречается в исторических документах XV–XVII веков. В «Ономастиконе» С.Б. Веселовского упомянуты, например, Желна Иван, крестьянин (1495 год), и Желнин Иван, помещик (конец XVI века). Прозвище Жовно, вероятно, бытовало в тех же регионах и по той же модели давалось человеку как обиходное именование, которое со временем и закрепилось за его потомками.

Фамилия образована по распространенной модели с суффиксом -цк-, который изначально указывал на принадлежность к местности или роду. В данном случае суффикс присоединился к основе Жовно- через посредство притяжательного прилагательного: сначала Жовно → Жовноватый (то есть «относящийся к Жовну»), затем — фамилия Жовновацкий. Такая словообразовательная цепочка типична для украинских и южнорусских фамилий, где -цк- нередко заменяло более привычное великорусское -ов.

Географически фамилия тяготеет к юго-западу России и Украине. Встречаются варианты написания: Жовновацкий, Жовновацкая, реже — Желновацкий. В современной России фамилия редкая, что делает её особенно ценной для семейной истории: каждый носитель — хранитель памяти о прозвище, которое больше четырёх веков назад дали его предку за сходство с чёрным дятлом.