Фамилия Жуган происходит от прозвища, которое, скорее всего, дали человеку за характер. В основе лежит диалектный глагол «жугакать» — «возиться, шуметь, кричать, убаюкивать». Судя по значению слова, прозвище Жуган могло закрепиться за непоседливым, капризным ребёнком, которого постоянно нужно было успокаивать. Взрослого человека так могли прозвать за шумное, навязчивое поведение или привычку постоянно суетиться.

Модель образования фамилии проста: к прозвищу Жуган добавился типичный русский патронимический суффикс «-ов», который указывал на принадлежность («чей?» — «сын Жугана»). Со временем это отчество превратилось в наследственную фамилию. Такая словообразовательная схема — одна из самых распространённых в России, что говорит о древности фамилии и её связи с крестьянской или мещанской средой, где фамилии часто давали по отцу или по личному прозвищу.

Существует и вторая, менее очевидная гипотеза. Она связывает прозвище Жуган со словом «жук». В этом случае Жуган могло быть нецерковным личным именем-оберегом, которое давали ребёнку, чтобы отвести от него болезни или сглаз. Называя ребёнка «жуком», родители могли желать ему быть таким же крепким и чёрным (неприметным для злых сил). Однако эта версия менее убедительна: в русских говорах слово «жук» редко давало производные с суффиксом «-ан», в отличие от глагольных форм.

Фамилия Жуган встречается в нескольких регионах, но заметно чаще — на западе и юге России, а также в Беларуси и на Украине. Это тоже косвенно указывает на диалектное происхождение: глагол «жугакать» и его формы характерны именно для южнорусских и белорусских говоров. Таким образом, предки носителей фамилии Жуган, по всей видимости, происходили из этих земель, а своё прозвище получили либо за беспокойный нрав, либо за привычку шумно себя вести.