Фамилия Жуганарь — редкая, но с прозрачной внутренней формой. Она прямо указывает на занятие предка: жуганарём в южных и западных говорах называли пастуха, который пас овец, коз или крупный рогатый скот. Слово происходит от «жуга́н» — так в некоторых диалектах обозначали кнут или длинную палку пастуха, а сам корень родствен глаголу «жу́гать» (стегать, хлестать). Фамилия образована по продуктивной модели «основа + суффикс -арь», которая в русском языке давала названия людей по действию или орудию (ср. пекарь, писарь, звонарь, пахарь). Соответственно, Жуганарь — это «тот, кто работает жуганом», то есть пастух.

Географически фамилия тяготеет к югу России и украинскому пограничью. Чаще всего она встречается в Краснодарском крае, Ростовской области, а также на востоке Украины — в Донецкой и Луганской областях. В центральных и северных регионах России она почти не фиксируется. Такое распределение подтверждает связь с южнорусским и украинским скотоводческим бытом: в степи пастушество было массовым занятием, и прозвище Жуганарь могло закрепиться за целым родом.

Суффикс -арь в этой фамилии не фамильный, а исходный, прозвищный. Он перешёл в фамилию в неизменном виде, без дополнительных патронимических суффиксов -ов или -ин. Это говорит о том, что прозвище закрепилось как фамилия в тех регионах, где была распространена бессуффиксная модель (Жуганарь, а не Жуганарёв). Такая модель характерна для украинской и южнорусской ономастики, где многие фамилии оформились в виде чистого прозвища или названия профессии.

Версия о связи с личным именем или географическим названием маловероятна. Никакого антропонима «Жуган» или «Жугана» в древнерусских святцах или документах нет. Топонимов с корнем жуган- тоже не обнаружено. Поэтому единственная обоснованная этимология — профессиональное прозвище пастуха. Фамилия не дворянская, не княжеская — она из крестьянской и казачьей среды, где человека называли по делу, а не по родовитости.