Фамилия Жугаева звучит редко, и её происхождение не лежит на поверхности. В основе, скорее всего, лежит прозвище или мирское имя, образованное от диалектного слова «жуга». В южнорусских и украинских говорах так называли жару, зной, сухую и жаркую погоду, а иногда — горячую золу. Человек мог получить прозвище Жуга за вспыльчивый нрав, за работу у печи или в кузнице, где постоянно пышет жаром. Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «жугать» — стегать, хлестать, что давало бы прозвище резкому, бойкому человеку.

Фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный. Вариант с -ов (Жугаев) был бы логичен, если бы основа оканчивалась на твёрдый согласный, но здесь мы видим конечное «а» в исходном прозвище Жуга, поэтому типичная форма притяжательного прилагательного — Жугаев. Женский вариант Жугаева — это просто грамматическая форма, указывающая на принадлежность к роду.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где закрепились южнорусские говоры: это Курская, Белгородская, Воронежская области, а также Украина. Встречаемость её крайне низкая, что говорит о локальном происхождении — возможно, от одного прозвища, данного конкретному человеку в небольшой общине. В отличие от массовых фамилий на -ов, образованных от крестильных имён, Жугаева почти наверняка прозвищная, то есть отражает личную характеристику первого носителя, а не его отца. Сословных ограничений у неё не было: прозвище Жуга могли дать и крестьянину, и ремесленнику.

Из-за редкости фамилия почти не попала в крупные ономастические словари, но её разбор по модели, описанной Б. Унбегауном в «Русских фамилиях», не вызывает сомнений: основа — неканоническое личное имя или прозвище, суффикс — стандартный патронимический. Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего будут Жугин, Жугов и украинская Жуга. Все они ведут к одному корню, но Жугаева отличается именно мягким окончанием основы, что делает её произносительный облик более плавным.