Фамилия Жуганин образована по русской модели отчества с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «сын Жугани» или «из рода Жугани». Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Жугана, и вот тут начинается самое интересное: корень «жуг-» в русских говорах неоднозначен и редок, что сразу отличает эту фамилию от более частых Жуковых или Журавлёвых.

Самая вероятная версия связывает Жуганина с диалектным словом «жуга» — так в некоторых южнорусских и украинских говорах называли жару, зной, сухую погоду, а также сухое место на болоте. Человек по прозвищу Жугана мог получить его либо за горячий, вспыльчивый нрав (как «жгучий»), либо, наоборот, за привычку жить на открытом, продуваемом солнцем месте. Менее распространённая, но допустимая версия — связь с глаголом «жугать» (бить, хлестать) в значении «драчун» или «озорник». Второй вариант слабее, потому что «жугать» — слово более позднее и локальное, а «жуга» как природное явление встречается в народной речи шире.

Словообразовательный суффикс -ин в фамилии Жуганин типичен для центральной и северной России, где отчества на -ин преобладали. Если бы предок жил на юге или западе, скорее появилась бы форма Жуганенко или Жуганович. Географически фамилия редкая и не образует крупных гнёзд. В дореволюционных переписях её носители могли быть крестьянами или однодворцами — сословная принадлежность для фамилий на -ин с нецерковной основой чаще всего невысокая, без дворянских корней.

В отличие от фамилий вроде Жуков (от жук), где основа прозрачна, Жуганин требует разговора о местных говорах. Это не фамилия-загадка, а скорее фамилия-подсказка: если ваш предок был Жуганиным, он, вероятно, жил в местности, где слово «жуга» ещё помнили, и получил прозвище по характеру или месту обитания.