Фамилия Жуганару — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. Она явно несёт на себе отпечаток молдавского или румынского происхождения, на что указывает типичный для этих языков суффикс -aru. В румынском и молдавском ару (или -ar) — это аналог славянского -арь, обозначающий профессию или род занятий: лэкэтуш (плотник), зидар (каменщик). Соответственно, основа Жуган- в таком случае — это либо прозвище, либо название ремесла.

Самая прямая версия: основа жуган (жуга) в румынских говорах может означать «плеть», «кнутовище» или «бич». Тогда Жуганару — это «плетельщик», «тот, кто делает кнуты» или, в переносном смысле, «погонщик», «возница», который постоянно пользуется кнутом. Такая модель образования (ремесло по инструменту) встречается часто: ср. Бичеру (бондарь) или Ковалару (кузнец). Правдоподобность этой версии высока, потому что она объясняет и суффикс, и конкретную, бытовую основу.

Менее вероятно, хотя и не исключено, что Жуган — это вариант написания фамилии Жугану, где -у — румынский определённый артикль (как в фамилиях Попеску, Янеску). В таком случае корень мог быть тем же, но фамилия означала бы просто «Жуга» (прозвище человека, возможно, от того же «кнута»). Но суффикс -ару в фамилии Жуганару более активен и профессионально окрашен, поэтому версия с ремеслом выглядит убедительнее.

В русском контексте фамилия Жуганару — однозначно пришлая, скорее всего, из Бессарабии или Молдавии. Она не славянская по модели и не могла возникнуть на великорусской почве. Если предки носителя переселились в Россию в XX веке, то, вероятно, они были крестьянами или ремесленниками из молдавских сёл, где фамилии на -ару — обычное дело. Никаких дворянских корней или древних боярских родов за этой фамилией не числится — это чисто народная, профессиональная фамилия, каких тысячи.

В написании стоит обратить внимание на финальное -у: в молдавском языке при склонении на русский лад фамилия может оставаться неизменяемой (как и многие иноязычные фамилии на гласную). Встречаются варианты Жуганарь, но основная форма — именно Жуганару, с ударением, скорее всего, на последний слог, как это свойственно румынским фамилиям.