Фамилия Жугина — женская форма от Жугин, и в её основе лежит прозвище Жуга. Слово это неоднозначное, и ономасты предлагают несколько версий его происхождения. Самая распространённая связывает прозвище с глаголом «жугакать», который в русских говорах означал «стучать, возиться, шуметь» или «убаюкивать дитя». Получается два противоположных образа: либо непоседливый, юркий человек, либо, наоборот, заботливый отец, качающий колыбель.

Другая версия отсылает к диалектному слову «жугля» — так в тверских говорах называли любое живое существо, живую тварь. Если прозвище пошло от этого корня, то первый носитель мог быть охотником или человеком, чья жизнь была тесно связана с промыслом зверя. Есть и третья, менее очевидная гипотеза: в тех же говорах «жугой» называли первый, ещё тонкий лёд на реке осенью. В этом случае прозвище могло быть дано ребёнку, родившемуся в пору ледостава, — по народной традиции называть детей по времени года или природному явлению.

Сама модель фамилии — с суффиксом -ин — указывает на принадлежность: Жугин буквально означает «сын Жуги». Такая форма типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин так же распространены, как на -ов. Фамилия встречается нечасто, но имеет географические корни: в документах XIX века Жугины фиксируются в Вятской и Пермской губерниях, что может указывать на расселение из новгородских земель.