Фамилия Жуканина — редкий пример, где суффикс -ин- не указывает на прямую принадлежность отцу (как в Иванов — сын Ивана), а осложнён дополнительным формантом. По модели образования это «матроним» или «жена-ним»: основа Жукан- плюс -ин. В русской ономастике суффикс -ин- обычно крепится к основе на -а/-я (Петя → Петин, Кузьма → Кузьмин). Здесь же основа — Жукан, что подсказывает: исходное слово было мужского рода (Жукан) или женского (Жуканя). Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени Жукан — уменьшительной формы от Жук.

Жук в народной традиции — не только насекомое. Прозвище Жук давали человеку смуглому, черноволосому или хитроватому, себе на уме. В старых писцовых книгах XV–XVII веков встречаются крестьяне и посадские с таким прозвищем: Жук, Жучок. От них пошли фамилии Жуков, Жучков, Жукин. Форма Жукан — характерный южнорусский или украинский вариант: суффикс -ан- придаёт слову оттенок уменьшительности или шутливой грубоватости (ср. горбун, толстун). Жуканом могли назвать сына того самого Жука, а Жуканиной — уже его жену или вдову.

Географически фамилия Жуканина тяготеет к югу России и Украине: Курская, Воронежская, Белгородская области, а также Ростовская. В этих краях суффикс -ин- у женских фамилий держался дольше, чем на севере, и в XIX веке при переписях нередко записывали жену или дочь по отцу с окончанием -ина, даже если мужская форма уже устоялась. Так что Жуканина могла закрепиться как «жена Жукана», а потом перейти по наследству детям независимо от пола.

Есть и другая, менее вероятная версия: основа от диалектного глагола «жукать» — издавать звук, жужжать, или от слова «жукан» в значении «жук-навозник» (в некоторых говорах). Но прозвищный корень надёжнее: антропонимика знает десятки фамилий на -анин/-янин (Дворянинов, Рыжанин), но суффикс -ан- плюс -ин даёт именно Жуканин — форма, близкая к украинским фамилиям на -аненко (Жуканенко). В русском варианте она сократилась до Жуканина.

Встречается и написание с одной «н» — Жуканина, но это орфографическая вариация: в документах XIX века фамилию могли писать на слух. Носителей фамилии немного, она не входит в сотни самых частых, но именно эта редкость и делает её ценной для историка: за ней стоит не массовая модель, а конкретная семейная история.