Фамилия Зилин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Зилин, то есть сын или потомок Зилы. Основа здесь — неполное, разговорное имя или прозвище Зила. Чаще всего так сокращали крестильное имя Зиновий (от греческого «Зенобиос» — «жизнь, данная Зевсом»). В быту Зиновия могли звать Зиной, Зиней, а форма Зила — ещё один вариант народного сокращения, как, скажем, Зима от Зиновия.

Но есть и другая версия, не менее убедительная. В южнорусских и украинских говорах «зила» означало «злость», «досада», «обида». Прозвище Зила могли дать человеку вспыльчивому, обидчивому или, наоборот, тому, кто постоянно навлекал на себя чужое недовольство. В этом случае фамилия Зилин — не по имени, а по характеру предка. Оба объяснения имеют право на жизнь, и без точного знания истории конкретного рода выбрать одно из них сложно.

Географически фамилия Зилин встречается не слишком широко, но имеет заметные очаги. По данным современных исследований, чаще всего она фиксируется в центральных областях России — в Тверской, Московской, Ярославской губерниях, а также на юге, в казачьих областях. Это указывает на то, что фамилия могла возникать независимо в разных местах: где-то от имени Зиновий, где-то от прозвища.

Интересно, что фамилия Зилин не имеет «двойников» с другими суффиксами (например, Зилов или Зильский) в массовом употреблении. Это говорит о том, что она сложилась достаточно поздно, когда модель на -ин уже вытеснила другие варианты. Среди однокоренных фамилий — Зиновьев (от полной формы имени) и Зинкин (от другой уменьшительной формы). Зилин стоит особняком: его основа короче, и потому разгадка её происхождения не лежит на поверхности.