Фамилия Зинякин образована от имени или прозвища с помощью суффикса -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — Зинякин, то есть сын или потомок Зиняки. Основа Зиняк — это краткая, уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Зиновий. В быту греческое имя Зиновий («живущий божественно») сокращали, отбрасывая окончание, и добавляли фамильярный суффикс -як. Так появились Зиня, Зиняк, а затем и Зинякин.

Есть и вторая, менее распространённая версия. В некоторых говорах «зиня» означало ротозея, разиню — человека нерасторопного или рассеянного. Прозвище Зиняк могли дать тому, кто постоянно зевал, медлил или выглядел сонным. Однако эта гипотеза упирается в редкость такого диалектного слова в письменных источниках, тогда как имя Зиновий было повсеместно распространено. Поэтому связь с Зиновием выглядит убедительнее.

Суффикс -як при образовании фамилий встречается нечасто, но он придаёт основе простонародный, даже слегка пренебрежительный оттенок. В сочетании с патронимическим -ин получается типичная для центральной России фамилия — без дворянских приставок и без географической привязки к западным или северным территориям. Зинякины, скорее всего, происходили из крестьянской или мещанской среды, где имена сокращали до неузнаваемости, а фамилии закрепляли за целыми семьями по имени главы.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и югу России — в переписях XVIII–XIX веков Зинякины встречаются в Симбирской, Пензенской и Саратовской губерниях. Это косвенно подтверждает основную версию: в этих краях имя Зиновий было в ходу у старообрядцев и крестьян, а его производные формы прижились в быту.