Фамилия Знаменкова — нечастая, и её происхождение можно связать с двумя разными историями. Первая и самая прямая отсылает к прозвищу Знамя. В старину знамя было не просто флагом, а торжественной эмблемой военной организации или государства. Нести его в строю считалось большой честью, которую доверяли опытным унтер-офицерам, имевшим боевые награды. Поэтому прозвище Знамя мог получить либо сам знаменосец, либо человек, чем-то напоминавший эту должность. Словообразовательная модель проста: прозвище Знамя, суффикс -ов- (в женском роде -ова), указывающий на принадлежность роду.

Вторая версия ведёт в другую сторону — к семинарской среде. Фамилию Знаменков (и её женскую форму Знаменкова) нередко давали ученикам духовных училищ, чьи приходы были записаны за церквями Знамения. Название праздника и иконы «Знамение» связано с преданием: в 1170 году войска Андрея Боголюбского осадили Новгород, и, по легенде, Богородица на местной иконе подала знак — отвернула лик от нападавших и заплакала. Осаждавших охватил ужас, и новгородцы легко их разбили. Так икону стали называть «Знамение», а фамилии от этого корня — Знаменский, Знаменцев, Знаменков — получили воспитанники семинарий, выходцы из приходов при таких храмах.

И та, и другая версия имеют право на существование. Первая — более бытовая, военная, вторая — книжная, церковная. В случае со Знаменковой суффикс -ов-/-ева указывает на русскую модель образования: так оформляли фамилии в крестьянской и мещанской среде, когда прозвище или имя отца закреплялось за всем родом. Если предок был знаменосцем, прозвище Знамя со временем превратилось в фамилию Знаменков, а затем и в Знаменкова. Если же корни уходят в духовное сословие, то фамилия могла прийти из формы Знаменский, которая позже упростилась до Знаменков при переезде в другую местность или при смене социального слоя.

География фамилии сегодня не привязана к одному региону: Знаменковы встречаются и в центральной России, и на Урале, и в Сибири. Это говорит о том, что фамилия не была редкой и возникала в разных местах независимо — там, где жили знаменосцы или стояли храмы Знамения.