Фамилия Золотопупенко — украинская по происхождению, и её разумнее всего разбирать не с корня, а с суффикса. Формант -енко в украинской ономастике означает «сын» или «потомок»: Золотопупенко — буквально «сын Золотопупа». Основа здесь — прозвище Золотопуп, которое и дало начало фамилии. В украинской традиции фамилии на -енко были распространены в основном среди казачества и крестьянства, особенно на Левобережной и Слободской Украине. Дворянских корней у этой фамилии нет, она — типично народная.

Прозвище Золотопуп составное: первая часть «золото» указывала на ценность, богатство или просто иронию, вторая — «пуп» (живот, пупок). Наиболее вероятное объяснение — насмешливое прозвище человека, который любил поесть, был сыт и доволен жизнью, отсюда «золотой пузо». В народе такие прозвища давали без злобы, скорее с удивлением или доброй усмешкой: мол, живот у него золотой, потому что ест всё самое лучшее. Менее правдоподобна версия о каком-то украшении на поясе или пуговице — для прозвища слишком сложно, а для бытовой речи — неестественно.

С точки зрения словообразования, фамилия Золотопупенко стоит в одном ряду с такими же шутливыми составными фамилиями, как Непийвода, Вырвидуб или Забейворота. Это не патроним от крестильного имени, а прозвищная фамилия, отражающая характер, привычку или внешность её первого носителя. Встречается она редко, преимущественно в центральных и восточных областях Украины, а также у потомков украинских переселенцев в России. Географически фамилия не привязана к какому-то одному селу или городу — её носители рассеяны, что подтверждает её позднее закрепление и незнатное происхождение.

В написании фамилии обращает на себя внимание полногласное «золото», а не церковнославянское «злато». Это ещё один признак того, что прозвище сложилось в живой украинской речи, а не в книжной или официальной среде. Фамилия не меняла форму, не переходила в дворянский вариант на -ский, осталась простонародной. Если ваш предок носил фамилию Золотопупенко, он, скорее всего, был казаком или крестьянином, а его прозвище когда-то вызывало у соседей улыбку.