Фамилия Зотин — один из примеров того, как церковное имя превратилось в прозвище, а затем закрепилось в родовом именовании. В её основе лежит каноническое мужское имя Зотик, которое пришло из греческого языка и означает «животворный, дающий жизнь». В быту это имя упростили до короткой формы Зотя — так на Руси часто называли детей, не меняя святцев, но приспосабливая имя к повседневному произношению. Именно от этой обиходной формы и пошла фамилия Зотин через стандартный суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Зотин, то есть сын или потомок Зоти.

Существует и другая версия происхождения, хотя она менее убедительна. Согласно ей, прозвище Зотя могли дать человеку, склонному к затеям и выдумкам, — от глагола «затевать». В словаре Владимира Даля этот глагол означает «вздумывать, придумывать, выгадывать, вымышлять и замышлять». Если принять эту гипотезу, то Зотей называли шутника, весельчака или затейника. Однако против такого толкования говорит то, что имя Зотик было вполне реальным и распространённым в святцах, а прозвищная версия не подкреплена устойчивой народной традицией — обычно отглагольные прозвища вроде Затей или Затевалов оформлялись иначе.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Зотин типологически близка к другим фамилиям, образованным от кратких форм канонических имён: Сонин (от Соня — Софья), Ванюшин (от Ваня — Иван), Митин (от Митя — Дмитрий). Суффикс -ин в таких фамилиях — один из древнейших, он встречается даже в документах XV–XVI веков, когда фамилии только начинали складываться у непривилегированных сословий.

Фамилия Зотин встречается в разных регионах России, но особенно часто — на Русском Севере и в Поволжье. В архангельских и вологодских писцовых книгах XVII века упоминаются крестьяне с этим именованием, что говорит о давнем бытовании формы Зотя именно в северных говорах. О точном месте и времени возникновения фамилии сегодня говорить сложно, но сам факт, что она образована от имени, а не от прозвища или профессии, указывает на ранний этап формирования русских фамилий — когда основой чаще всего служило личное имя отца.