Фамилия Зотина — женская форма, а её мужской вариант Зотин образован от имени или прозвища Зотя. В основе, скорее всего, лежит каноническое мужское имя Зотик, что в переводе с греческого означает «животворный, дающий жизнь». Зотя — это просторечная, обиходная форма этого имени, и фамилия пошла именно от неё. Такая модель типична для русских фамилий на -ин: суффикс указывает на принадлежность «сын Зоти» или «из дома Зоти».

Есть и другая версия, но она менее правдоподобна. Согласно ей, Зотя — это прозвище, а не сокращение от церковного имени. Его могли связывать с глаголом «затевать». Владимир Даль в своём словаре трактует этот глагол как «вздумывать, придумывать, выгадывать, вымышлять и замышлять». В таком случае Зотей могли назвать человека, который вечно что-то придумывает: шутника, весельчака или просто склонного к затеям и причудам. Однако большинство фамилий на -ин в русском языке восходят именно к именам, а не к прозвищам, поэтому версия с именем Зотик выглядит убедительнее.

Само имя Зотик — редкое, но встречается в святцах. В народе его форма Зотя была более употребительна, особенно в северных и центральных губерниях России. Именно оттуда, скорее всего, и пошла фамилия. Со временем форма «Зотин» закрепилась как наследственное родовое имя, а Зотина — как указание на жену или дочь Зотина.