Фамилия Зубчининова — женская форма фамилии Зубчининов, и её разбор стоит начать с суффикса, который сразу бросается в глаза. В русских фамилиях стандартные патронимические суффиксы — -ов, -ев, -ин. Здесь же мы видим редкую цепочку: корень Зуб- плюс -чин- и -ов. Такое сочетание указывает на то, что основа фамилии — не просто прозвище, а прозвище, образованное от профессионального или социального термина с суффиксом -чик/-щик.

Корень Зуб- прозрачен. В русских говорах «зуб» мог означать не только часть тела, но и зазубрину на инструменте, зубец на стене или гребне, а также скупого, прижимистого человека («зубастый» в переносном смысле). Однако ключевой элемент — «Зубчин». Скорее всего, это усечённая форма от «зубчик» (маленький зуб) или от прозвища «Зубча» (человек с неровными, редкими зубами). Суффикс -ин- в середине фамилии (Зубчин-ин-ов) мог появиться из-за того, что первоначальное прозвище имело форму Зубчина (женское или ласкательное), и от него уже образовали фамилию Зубчинин, а затем, возможно, под влиянием других моделей, её переделали в Зубчининов. Это нестандартная трансформация, и она делает фамилию редкой.

Самая вероятная версия происхождения: прозвище Зубча или Зубчик дали человеку с характерными зубами — например, с частыми, острыми или с заметным зубным рядом. В старину прозвища по внешним признакам были распространены, и они легко переходили в фамилии. Менее вероятна, но возможна связь с ремеслом: «зубчик» могли называть мастера, делавшего зубья для гребней, пил или колёс. Однако в этом случае чаще встречались бы фамилии Зубов, Зубков или Зубарев.

Географически фамилия Зубчининов (и её женская форма) не зафиксирована в массовых списках дворянских родов или купеческих гильдий. Судя по структуре, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в центральных или северных губерниях России, где были активны прозвищные формы на -ча/-ча. Встречаемость крайне низкая, что подтверждает её нетипичное словообразование: носители, скорее всего, потомки одного рода из небольшой местности.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Зубов, Зубков, Зубчанинов — показывает, что Зубчининов стоит особняком. Если Зубов — прямой патроним от прозвища Зуб, а Зубков — уменьшительная форма, то Зубчининов «нарастил» лишний слой суффиксов, что могло произойти при переписи населения: писарь записал фамилию на слух, добавив «-ин-» по аналогии с фамилиями вроде Ильин — Ильинов. Поэтому для носителей фамилии Зубчининова есть высокая вероятность, что в документах XVII–XVIII веков их предки значились как Зубчины или Зубчинины, а современная форма закрепилась случайно.