Фамилия Зубрилин происходит от прозвища Зубрила. В основе лежит глагол «зубрить», у которого два значения. Первое, более древнее, — «делать зазубрины на лезвии, точить». Второе, известное с XX века, — «бессмысленно заучивать». Прозвище Зубрила, скорее всего, относилось к человеку по профессии: мастеру по заточке кос, серпов, лопат. Он буквально «зубрил» инструмент, наводя остроту. Значение «зубрить учёное» — слишком позднее, чтобы лечь в основу фамилии.

Модель образования простая: прозвище на -ила (Зубрила) плюс типичный русский суффикс принадлежности -ин. Фамилии на -ин обычно означают «чей?» — сын Зубрилы. Встречаются и однокоренные варианты: Зубрилов (с суффиксом -ов) и Зубрилин — последний мог закрепиться в регионах, где слово «зубрила» склонялось по образцу существительных женского рода (как «сирота»), что для прозвищ на -ила характерно.

Редкость фамилии в том, что её основа не угасла с исчезновением ручного ремесла: слово «зубрила» перешло в школьный жаргон, но в фамилии сохранился именно старый, профессиональный смысл.