Фамилия Зуйка — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а прозвище, связанное с повадками животного. В большинстве русских фамилий на -ка ударение падает на последний слог, и Зуйка не исключение: именно ударение на окончании (Зуйка́) указывает на прозвищное происхождение, а не на украинскую или белорусскую модель с фамильным суффиксом -ка.

Корень слова — «зуй». В диалектах русского языка (особенно в северных и сибирских говорах) зуйком называли кулика-песочника, мелкую болотную птицу. Прозвище Зуйка могли дать человеку за суетливость, вертлявость, быстрые и резкие движения — птица эта известна тем, что постоянно бегает по берегу в поисках корма. Другой, менее распространённый вариант — связь с глаголом «зудить» (чесаться, зудеть). В этом случае Зуйка мог получить прозвище за беспокойный, надоедливый характер.

Фамилия образована нестандартно: не через суффиксы -ов/-ев или -ин, а путём застывания прозвища в именительном падеже единственного числа. Такая модель встречается в основном в западных и северных регионах России, а также у старообрядцев, которые порой дольше сохраняли архаичные формы. Географически фамилия Зуйка тяготеет к территории бывшей Новгородской губернии и смежным с ней уездам — именно там зафиксированы первые упоминания крестьян с таким прозвищем.

Сословно фамилия почти наверняка крестьянская. В дворянских родословных она не встречается, что логично: прозвище от птицы или от досадной черты характера вряд ли давали при составлении официальных документов. Носители фамилии Зуйка — это потомки тех, кого в деревне окрестили по поведению, и прозвище прижилось, перейдя в фамилию без изменений.

Родственных фамилий с тем же корнем немного: Зуев (от «зуй» — кулик) и Зудов (от «зудить»). Но Зуйка стоит особняком — она сохранила исходную форму прозвища, не «облагородив» её патронимическим суффиксом. Это делает фамилию ценной для этимолога: она — живой след того, как в русской деревне XVI–XVII веков человека могли называть по самому яркому внешнему признаку, и это имя оставалось с ним навсегда.