Фамилия Зайка — один из ярких примеров древнего пласта русских фамилий, образованных от мирских, или «внутрисемейных», имён. Мирское имя Зайка родители давали ребёнку в дохристианской традиции, веря в магическую связь с природой. Называя младенца Волком, Зайкой, Соловьём или Калиной, они стремились, чтобы природа воспринимала его как своего, а к самому человеку перешли те полезные качества, которыми наделён избранный представитель животного или растительного мира. В случае с Зайкой это, скорее всего, была не трусость (современный стереотип), а быстрота, плодовитость и ловкость — качества, которые в крестьянском быту ценились высоко.

В основе имени лежит название животного «заяц». Однако словообразовательная модель здесь необычна: фамилия Зайка образована не с помощью типичных суффиксов -ов, -ев или -ин, а с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -к(а). Такая форма характерна для прозвищ и мирских имён, которые впоследствии закрепились без изменений в качестве фамильной основы. В этом смысле Зайка стоит в одном ряду с фамилиями типа Сорока, Ворона, Утка — они не склоняются по падежам как типичные русские фамилии и сразу указывают на прозвищное происхождение.

Существует и другая версия, менее правдоподобная, согласно которой фамилия Зайка образована от прозвища охотника на зайцев. Однако эта гипотеза слаба: в русской ономастике ремесленные прозвища обычно оформлялись суффиксами -ник (Зайчатник) или -арь (Зайчар), а не уменьшительным -ка. Кроме того, не исключено, что прозвище Зайка восходит к глаголу «заять» — «прыгать». В этом случае Зайкой называли не охотника и не тотемного двойника, а просто резвого, непоседливого ребёнка или взрослого с живым, подвижным характером.

Географически фамилия Зайка наиболее характерна для западных и южных регионов России, а также для Украины и Беларуси, где форма на -ка в фамилиях встречается значительно чаще, чем на севере и востоке. Встречаются также варианты Зайко (украинская и белорусская форма) и Зайкин (русская форма с суффиксом притяжательности).