Фамилия Зайкина — одна из тех, что не дают покоя исследователям своей кажущейся простотой. Самый прямой и логичный путь её происхождения — от мирского имени Зайка. На Руси до прихода массовых христианских имён родители часто давали детям прозвища по названиям животных, птиц или растений, не вкладывая в них обидного смысла. Зайка, как и Волк, Медведь, Сокол, было личным именем, которое должно было передать ребёнку часть качеств зверя — в данном случае быстроту, лёгкость или плодовитость. Потомок человека по имени Зайка получал отчество-фамилию Зайкин, а для женщин — Зайкина.

Существует и другая версия, хотя её и нельзя назвать основной. Она отталкивается от глагола «заять», который в некоторых говорах означал «прыгать», «скакать». Согласно этой гипотезе, прозвище Зайка могли дать не в честь зверька, а за живую, непоседливую натуру, за манеру передвигаться вприпрыжку. Однако эта версия слабее: глагол «заять» — редкий и диалектный, в то время как обычай называть детей «заячьими» именами зафиксирован повсеместно.

Сама фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Зайк- добавился суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Такой тип фамилий (на -ин) характерен для северных и центральных областей России, где часто использовали слова, оканчивающиеся на -а или -я. Если бы фамилия возникла от полного прозвища Заяц, она звучала бы как Зайцев — и это ещё одно косвенное доказательство того, что в основе лежало именно ласкательное или уменьшительное имя Зайка.

Среди носителей фамилии есть люди, оставившие заметный след в культуре. Владимир Владимирович Зайкин (1959 года рождения) — сценарист и режиссёр. Он начинал в кино с авторских сценариев: написал «Экстренный педсовет» (1990), «Систему Ниппель» (1990), «Мужа собаки Баскервилей» (1990), «Болотную street, или Средство против секса» (1991), «Шкуру» (1995). За сценарий к фильму «Последнее дело Варёного» в 1994 году он получил премию мэрии Санкт-Петербурга. Кроме того, Зайкин известен как автор сюжетов для киножурнала «Ералаш». Его работа — пример того, как фамилия, звучащая по-домашнему легко, не мешает серьёзной профессиональной карьере.