Фамилия Зыбенко образована от прозвища Зыба. По одной из версий, оно ведет свое начало от распространенного в северных говорах слова «зыба» - «колыбель, люлька». Исходя из этого, можно предположить, что прозвище Зыба относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии: он мог быть мастером по изготовлению детских кроваток. Возможно также, что прозвище Зыба этимологически связано с глаголом «зыбать» - «колебать, покачивать, колыхать». В таком случае прозвище Зыба мог получить нерешительный, робкий человек. Так и прозвище Зыба закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Зыбенко. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Зыба, со временем получил фамилию Зыбенко.