Фамилия Зыбинов — редкий случай, когда основа не сразу поддаётся однозначному толкованию. На слух она кажется производной от слова «зыбь» (лёгкое волнение на воде) или глагола «зыбить» (колебать, качать). Но при ближайшем словообразовательном разборе выясняется нюанс: фамилии на -инов обычно образуются не напрямую от существительного, а от имени или прозвища с суффиксом -ыня. То есть в основе лежит не «зыбь», а прозвище Зыба или Зыбня, которое в русских говорах имело вполне конкретное значение.

В диалектах северных и сибирских областей «зыба» — это не просто качка, а колыбель, люлька, которую подвешивали к потолку и «зыбали» (качали). Человек, получивший прозвище Зыба, мог быть либо тем, кто делал такие колыбели, либо нянем, качальщиком детей, либо просто обладателем характерной качающейся походки. От этого прозвища по модели «Зыба → Зыбин → Зыбинов» и пошла фамилия. Суффикс -ов тут вторичный: сначала образовалась форма Зыбин (чей? — сын Зыбы), а затем, по аналогии с другими фамилиями, её могли переоформить в Зыбинов, что встречается в русской ономастике как вариант.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с гидронимом — названием речки Зыба или Зыбинка, такие встречаются в бассейне Волги. В этом случае Зыбинов — потомок человека, жившего на берегу такой реки. Однако прозвищное происхождение всё же выглядит убедительнее, потому что фамилия не географически привязана к одному региону, а встречается разрозненно, что типично для прозвищ по занятию или внешности.

С точки зрения социальной истории, Зыбиновы — скорее всего, потомки крестьян или ремесленников. Прозвище «зыба» не относилось к знати или духовенству, оно бытовое, из деревенского обихода. В документах XVIII–XIX веков носители фамилии встречаются среди государственных крестьян и мещан центральных губерний России, особенно в Костромской и Вятской, где слово «зыбать» в значении «качать» было в ходу до недавнего времени.