Фамилия Зыбинский — типичный пример фамилии, образованной от географического названия с помощью суффикса -ский. Такая модель была особенно распространена в среде польской и западнорусской шляхты, а затем и в других сословиях Российской империи. В основе, скорее всего, лежит название населённого пункта вроде Зыбино или Зыбин. Такие топонимы встречаются в нескольких регионах России, например, в Смоленской, Тверской, Новгородской областях. Название деревни, в свою очередь, восходит к прозвищу или неканоническому имени Зыба.

Корень «зыб-» в русском языке связан с глаголом «зыбить(ся)» — колебаться, качаться, колыхаться. Отсюда «зыбь» (лёгкое волнение на воде) и «зыбка» (колыбель, люлька). Прозвище Зыба могли дать человеку беспокойному, непоседливому, или, наоборот, тому, кто качал колыбель — няньке, пестуну. В старину встречалось и древнерусское имя Зыба, которое фиксируется в актах XV–XVI веков; оно относилось к разряду «охранительных» имён, которые давали, чтобы обмануть нечистую силу: считалось, что ребёнок с таким именем будет «зыбким», то есть недолговечным, и злые духи потеряют к нему интерес.

Интересная деталь: фамилия Зыбинский не очень частая, но у неё есть близкие «родственники» — Зыбин, Зыбкин, Зыбцев, а также более редкие Зыбицкий и Зыбский. Все они образованы от одного корня, но разными суффиксами. Если Зыбин — типичная «русская» фамилия на -ин (от чьего? — Зыбы), то Зыбинский — это уже фамилия по модели, характерной для поляков, белорусов и украинцев, а также для русского дворянства, которое часто русифицировало польские образцы. Поэтому носители фамилии Зыбинский, вероятно, происходят из западнорусских земель или из тех мест, где было сильно польское культурное влияние. Точных данных о сословной принадлежности предков нет, но суффикс -ский в целом указывает на шляхетское или, как минимум, не крестьянское происхождение, хотя в XIX веке фамилии на -ский массово давали и семинаристам.