Фамилия Зыбенок — редкий случай, когда прозвище застыло в уменьшительно-ласкательной форме, не успев обрасти стандартными патронимическими суффиксами вроде -ов или -ин. В центре фамилии лежит прилагательное «зыбкий» — нестойкий, шаткий, колеблющийся. В переносном смысле так могли назвать человека нерешительного, с переменчивым характером, или же, наоборот, того, кто постоянно находился в движении, не сидел на месте. Суффикс -енок (с беглой гласной) характерен для восточнославянских прозвищ, обозначающих «маленького» или «молодого»: ср. Жученок, Котенок, Волченок. В данном случае он не указывает на детёныша животного, а придаёт прозвищу оттенок «тот, кто слегка зыбкий», «небольшой по степени качества».

Такая модель образования — от качественного прилагательного через суффикс -енок — встречается нечасто. Обычно прозвища на -енок образовывали от названий зверей или профессий. Здесь же основа абстрактная, что указывает на психологическую или поведенческую характеристику. В белорусской и украинской традиции, где суффикс -енок (-онок) особенно активен, фамилия Зыбенок могла закрепиться без изменений, минуя стадию фамильного суффикса. В русских говорах такое прозвище могли «обрусить», добавив окончание -ов, но этого не произошло, что говорит о сравнительно позднем оформлении фамилии или о её южнорусском/западнорусском происхождении.

Географически фамилия тяготеет к западу — к Смоленщине, Брянщине, Гомельской области. Встречается она и в украинском Полесье. В этих краях слово «зыбкий» сохранило и второе, конкретное значение — «топкий», «болотистый» (зыбун, зыбкое место). Не исключено, что прозвище Зыбенок дали человеку, жившему у трясины, на зыбкой почве, или тому, кто добывал торф на зыбучих болотах. Такая привязка к ландшафту не менее вероятна, чем психологическая характеристика.

Двойственность корня — главная особенность этой фамилии. Она не даёт однозначного ответа, кем был предок: нерешительным крестьянином или жителем болотистой низины. Но именно эта неопределённость и делает фамилию Зыбенок живым слепком народного словоупотребления, где одним словом могли обозначить и характер человека, и особенность его земли.