Фамилия Зыбрев — редкий пример, когда основу приходится искать не в славянских корнях, а в тюркских языках Северного Кавказа. Вопреки интуитивному желанию связать её с русским глаголом «зыбиться» (колебаться, качаться), лингвисты указывают на карачаево-балкарское слово «зыбыр». Оно означает «неровный, шероховатый, шершавый».

Словообразовательная модель проста: прозвище Зыбер, описывавшее внешность человека, и типичный русский патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («сын Зыбера»). Скорее всего, прозвище дали человеку с заметными следами на коже — например, рябому после оспы или с грубой, огрубевшей кожей. В крестьянской среде, где ценилось здоровье и статность, такая особенность сразу бросалась в глаза и легко превращалась в уличное прозвище.

Географически фамилия тяготеет к южным регионам России и Северному Кавказу — зонам контакта русского и тюркского населения. В отличие от распространённых фамилий на -ов, Зыбрев встречается нечасто, что подтверждает её локальное происхождение, а не массовое появление через церковные календари.

Версия о связи с «зыбью» или «зыбким» маловероятна: прилагательное от этих слов звучало бы как Зыбков или Зыбкин. Суффикс -ер в русской прозвищной системе почти не встречается, а в тюркских заимствованиях — вполне обычен. Поэтому этимология через карачаево-балкарское «зыбыр» остаётся основной и наиболее убедительной.