Фамилия Зыковы — один из тех редких случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранило прямую связь с акустикой: зычный голос. В «Толковом словаре живого великорусского языка» В. И. Даля глагол «зыкать» означает громко петь, кричать, шуметь. Отсюда прозвище Зык — человек с мощным, трубным голосом или, по другой версии, крикливый младенец, которому домашнее имя дали по той же примете.

Модель образования типична для XV–XVI веков: суффикс принадлежности -ов присоединился к основе Зык, и потомок человека с таким прозвищем стал Зыковым. Но фамилия не застыла в одной социальной среде. Документы показывают её у самых разных слоёв. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского зафиксирован слуга митрополита Зык Обобуров (вторая половина XV века) и ключник рязанских князей Григорий Иванович Зыков (конец XV века). По словарю Н. М. Тупикова, в 1539 году упомянут помещик Дегожского погоста Зык Моисеев, в 1557-м — слуга Кирило-Белозерского монастыря Зык Тимофеев, в 1569-м — дворянин Тимофей Зык Князкий, а в 1661-м — московский дьяк Афонасей Зыков.

Перепись 1579 года застала крестьян: Зыка Петрова из деревни Немзя и Ивашку Зыкова из деревни Бердникова на реке Усолке. То есть Зыковы встречались и среди монастырских служек, и среди помещиков, и среди чёрного крестьянства. Позже фамилия закрепилась за несколькими дворянскими родами. Один из них, внесённый в VI часть родословных книг Тверской и Ярославской губерний, ведёт начало от думного дворянина Афанасия Тихоновича Зыкова (вторая половина XVII века). Его потомки служили воеводами: Фёдор Тихонович — в Тамбове, Фёдор Андреевич — в Сургуте.

В более поздних памятных книгах фамилия разошлась по разным губерниям. В Книгу памяти Смоленской области внесён Валентин Петрович Зыков (1883 года рождения, село Покровское Демидовского района). В Книге памяти Красноярского края — Василий Аверьянович Зыков (1875, деревня Большие Сыры Ачинского округа). В белорусском «Мемориале» записан Тихон Яковлевич Зыков (1886, уроженец села Коробкинское Дмитровского района Курской области). География широкая, и единого «гнезда» фамилии нет: она возникала в разных местах независимо, везде, где прозвище Зык давали человеку с громким голосом. Окончательно привязать её к одной местности или сословию можно только по результатам генеалогического исследования конкретной ветви.