Фамилия Абдужапарова (и её более полный вариант Абдулжапаров) хранит память о личном имени своего основателя — Абдулжапар. Это составное мусульманское имя, типичное для тюрко-арабской ономастики, где первая часть — Абдулла (араб. «раб Аллаха»), а вторая — Жапар. С происхождением второй части связано два основных толкования, и оба ведут к арабскому корню.

Чаще всего Жапар считают тюркским вариантом имени Джафар, что означает «руководитель» или «начальник». В этом случае имя Абдулжапар осмысляется как «раб Всевышнего, обладающего властью». По другой версии, Жапар восходит к имени Джагфар, которое переводится как «ручей» или «родник». Какое бы значение ни вкладывали предки, имя указывало на религиозную традицию и использовалось в среде мусульман Поволжья, Средней Азии и Кавказа.

Словообразовательная модель фамилии типична для русского языка: к основе имени Абдулжапар (в бытовом произношении часто утрачивающей «л» — отсюда форма Абдужапаров) добавился патронимический суффикс -ов. В русской традиции этот суффикс означает принадлежность: «сын Абдулжапара». Таким образом, фамилия закрепилась в документах, когда появилась необходимость передавать отчество по наследству.

Вариант написания Абдужапарова — не ошибка, а отражение реального произношения, где звук «л» перед губным «ж» выпал. Встречаются обе формы: и с «л», и без него. В метрических записях и советских паспортах могли записать по-разному, поэтому однофамильцы с разным написанием — не редкость.