Фамилия Аболонина — женская форма мужской фамилии Аболонин. Её основа восходит к народной, диалектной версии имени Аполлон. Греческое имя в честь бога света и искусств в русской крестьянской и мещанской среде упрощали до Аболон или Аболоня. От этого сокращённого имени и пошла фамилия: суффикс -ин указывал на принадлежность, отвечая на вопрос «чей?» — сын или потомок Аболона. Фамилия Аболонин встречается реже, чем однокоренная Аполлонов, но она точнее передаёт живое произношение — без книжного удвоения «л» и со смещением ударения.

Суффикс -ин в этой фамилии закономерен: основа оканчивается на твёрдый согласный (Аболон) или на «а» (Аболоня). Это один из самых распространённых русских патронимических суффиксов, наравне с -ов/-ев. В дореволюционных источниках фамилия фиксируется преимущественно в центральных и южных губерниях — там, где имя Аполлон было в ходу у крестьян и мещан. Дворянских родов с такой фамилией нет, что подтверждает её простонародное происхождение: предки носителей носили каноническое имя в обиходном, разговорном варианте.

Существует и вторая, менее убедительная версия. В некоторых говорах «аболонь» или «оболонь» означало пойменный луг, заливное место. Гипотетически жителя у такой местности могли прозвать Аболоня, а его потомков — Аболониными. Однако эта гипотеза слабее: прозвища от географических названий обычно давались по населённому пункту, а не по типу угодья, и оформлялись суффиксом -ский (например, Аболонский). Поэтому версия с личным именем остаётся основной.